一種風扇轉速控制系統,包括有平臺管理芯片,復雜可編程邏輯器件及用以感測電子元件的溫度并向平臺管理芯片發送溫度信號的板上溫度監控感應器,平臺管理芯片根據溫度信號將電子元件的溫度與基準溫度相比較,并向復雜可編程邏輯器件發送脈寬調制信號,復雜可編程邏輯器件將脈寬調制信號解碼并驅動風扇模組調節轉速,平臺管理芯片包括有工作信號發送引腳,復雜可編程邏輯器件連接板上溫度監控感應器且包括有工作信號接收引腳,當平臺管理芯片發生故障時,工作信號發送引腳向工作信號接收引腳發出一故障信號,板上溫度監控感應器向復雜可編程邏輯器件發送溫度信號,復雜可編程邏輯器件將電子元件的溫度與基準溫度比較,并根據比較的結果調節風扇模組的轉速.